南通大学药学学科于1984年开始培养硕士研究生，2005年获批招收药学专业本科生，2006年获药理学二级学科硕士学位授权点，2010年获批成为药学一级学科硕士学位授权点，2013年被遴选为南通大学博士学位授权培育建设学科，2019年5月esi《药理学和毒理学》全球前1%学科潜力值为0.9919。
本学科培养热爱祖国，遵纪守法，品行端正；遵守学术规范，恪守学术道德；崇尚科学精神，对药学研究有浓厚的兴趣；掌握药学及相关学科的基本理论和系统的专门知识，具有一定的学术研究潜力的药学工作者。
根据《南通大学硕士、博士学位授予工作实施细则》的要求，药学硕士学位的要求包括：拥护中国共产党的领导，拥护社会主义制度，遵纪守法，品行端正，身体健康；通过学位课程考试和论文答辩，成绩合格，掌握药学学科坚实的基础理论和系统的专门知识，具备一定的创新性研究成果。
培养方向：
（1）药理学主要从事神经精神疾病药物防治与行为药理学研究、药物靶向蛋白治疗与心血管疾病分子机制研究等。
（2）药剂学主要从事药物载体、缓释控、传输与靶向制剂研究。
（3）药物化学主要从事小分子药物设计、合成、结构修饰与构效研究。
（4）微生物与生化药学主要从事天然药物活性先导物分离鉴定与作用靶点研究。