药学院现有药学和药物制剂学2个本科专业。药学学科为南通大学博士学位授权培育学科和江苏省重点培育学科；药学学科为我院一级硕士学位授权学科（涵盖临床药学、药理学、药剂学、药物化学、药物分析、微生物与生物技术药学、生药学及社会与管理药学8个二级学科）。