南通大学药学院由原医学院药理学系和药学系组建而成，药理学系的前身源于1938年国立江苏医学院药理学教研组，1952年开始培养临床医学本科生，1984年开始培养硕士研究生，2005年获批招收药学专业本科生，2010年获批成为药学一级学科硕士学位授权点。
学院设有4个系、1个研究所和1个药学实验中心，分别是药理系、药物化学系、药物制剂系和天然药物与药物分析系和临床药学研究所。药学教学科研平台下设本科教学实验室（药学实验中心）、江苏省炎症与分子药靶重点实验室、南通市生物医药重点实验室、南通市小分子药物创新重点实验室、南通大学临床药物研究所，平台实验室环境与设施达到国内领先水平。
药学院现有药学和药物制剂2个本科专业。目前学院有全日制在校本科生632人，硕士研究生171人。药学学科为南通大学博士学位授权培育学科和江苏省重点培育学科；药学学科为我院一级硕士学位授权学科（涵盖临床药学、药理学、药剂学、药物化学、药物分析、微生物与生物技术药学、生药学及社会与管理药学8个二级学科）。