药学院现有药学和药物制剂学2个本科专业。药学学科为南通大学博士学位授权培育学科和江苏省重点培育学科；药学学科为我院一级硕士学位授权学科（涵盖临床药学、药理学、药剂学、药物化学、药物分析、微生物与生物技术药学、生药学及社会与管理药学8个二级学科）。
1.药学
培养目标：本专业培养德智体美劳全面发展的具备药学学科基本理论、基本知识、实验技能和一定的药物研究、开发能力，能从事药物研发、药品生产、质量检验、药事管理、临床药学、医药营销及临床医疗、教学、科研、卫生管理部门等方面工作的药学高级专门人才。
主要课程：有机化学、无机化学、分析化学、生理学、生物化学、天然药物化学、药物化学、药剂学、药理学、药物分析学、中药学、生药学、药用植物学、药物合成反应、生物药剂学与药物动力学、药事管理学等。
授予学位：理学学士
2.药物制剂
培养目标：本专业培养以化学、生物学、基础医学为基础，具有比较系统的药物制剂专业基本理论、基本知识和实验技能，具备从事新药研发、药物剂型的设计、研究与制备、药物制剂的生产与质量控制等能力，可以在药物研究单位、医药企业、药房、药政管理部门从事药物制剂相关的研究、生产和管理的高级专业技术人才。
主要课程：有机化学、分析化学、物理化学、生理学、生物化学、天然药物化学、药物化学、药剂学、药理学、药物分析学、生物药剂学与药物动力学、药用高分子材料、药物制剂工程、药品生产质量管理等。
授予学位：理学学士